Ce village a sans doute existé depuis la période mérovingienne, selon une tradition Charles le Simple y aurait eu un château.
Sous l’ancien régime, Isles-les-Villenoy dépendait de la seigneurie du comte de la Motte-Geffard. Son premier instituteur y est signalé au XVIIe.
C’est en 1839, avec la construction d’un pont à péage sur la Marne, que le village prend une certaine importance, devenant un point de passage. Le XIXe siècle voit également l’essor des maisons de plaisance, si bien qu’Iles-lès-Villenoy devient un site de villégiature. Comme ailleurs dans le pays de Meaux, l’activité économique au XIXe siècle tourne autour de l’exploitation de carrières, ici de pierre et de sable.
C’est en 1924 que la commune est rattachée au canton de Meaux.
